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Nature Communications:de novo起源新基因參與調(diào)控水稻秈粳亞種間粒型的分化
日期:2024-04-15 16:53:00

現(xiàn)有基因在復(fù)制、轉(zhuǎn)移和修飾過程中將有可能產(chǎn)生新的蛋白質(zhì)編碼基因;而來自于非編碼區(qū)DNA 自然突變形成的新基因,通常被稱為從頭起源(de novo origination)基因。多個(gè)證據(jù)表明,de novo 基因在某些真核生物的基因組進(jìn)化和生物學(xué)過程具有重要作用,但其在物種/亞種之間形態(tài)分化中的作用很大程度上是未知的。水稻粒型(粒形)是受多個(gè)基因遺傳控制的典型復(fù)雜數(shù)量性狀,是區(qū)分亞洲栽培水稻兩個(gè)主要亞種的關(guān)鍵形態(tài)特征:粳稻通常為短圓形,而秈稻則大部分為細(xì)長(zhǎng)形。籽粒形狀也是水稻產(chǎn)量、外觀質(zhì)量和市場(chǎng)價(jià)值的關(guān)鍵決定因素。

揚(yáng)州大學(xué)農(nóng)學(xué)院楊澤峰教授研究團(tuán)隊(duì)在Nature Communications期刊發(fā)表了題為“A de novo evolved gene contributes to rice grain shape difference between indica and japonica”的研究論文,系統(tǒng)闡釋了一個(gè)de novo 起源新基因GSE9 參與調(diào)控水稻秈/粳亞種間粒型的分化,并為水稻粒型的遺傳改良提供了新的靶基因。

研究團(tuán)隊(duì)基于全基因組關(guān)聯(lián)分析和候選基因分析,在水稻9號(hào)染色體上發(fā)現(xiàn)一個(gè)同時(shí)控制粒長(zhǎng)和粒寬的基因GSE9。該基因僅在稻屬部分物種中具有高度同源的DNA序列,且通過de novo方式起源于普通野生稻的原非編碼區(qū),并傳遞到絕大部分粳稻品種中。絕大部分粳稻品種具有起始密碼子ATG,形成編碼基因GSE9;而絕大部分秈稻品種則不具備起始密碼子(起始密碼子位點(diǎn)為GTG),不具有編碼基因(gse9);序列變異也表現(xiàn)出明顯的秈粳亞種間分化特征。


圖124041203.jpg

候選基因GSE9 調(diào)控粒形的功能驗(yàn)證

對(duì)轉(zhuǎn)基因植株的電鏡觀察和轉(zhuǎn)錄組分析,發(fā)現(xiàn)GSE9 通過協(xié)同調(diào)控細(xì)胞擴(kuò)張和細(xì)胞增殖來調(diào)控粒型;代謝組分析發(fā)現(xiàn)主要差異代謝物與氨基酸代謝相關(guān),表明可能通過參與氨基酸代謝調(diào)控粒型。此外,gse9 啟動(dòng)子區(qū)段的DNA甲基化水平顯著高于GSE9,表明其對(duì)粒型的調(diào)控還可能與表觀遺傳有關(guān)。對(duì)131份秈稻重測(cè)序品種進(jìn)行了粒型分析,發(fā)現(xiàn)gse9 型秈稻品種相比于GSE9 型的籽粒更加細(xì)長(zhǎng),這也與GSE9 型和gse9 型栽培稻的典型粒型相一致。將粳稻的GSE9 基因轉(zhuǎn)至秈稻品種中,則導(dǎo)致粒長(zhǎng)減小,粒寬增大。由此表明,GSE9 基因的自然變異對(duì)水稻粒型有顯著影響,并可被應(yīng)用于水稻粒型的遺傳改良。

此研究發(fā)現(xiàn)拓寬了我們對(duì)de novo 起源基因CES9 在亞種間遺傳和形態(tài)差異中的作用的理解,并為改善水稻籽粒形狀提供了基因靶點(diǎn),具有重大的農(nóng)業(yè)和商業(yè)意義。

—— 原文 ——

Wei, X., Geng, M., Yuan, J., et alGhRCD1 promotes cotton tolerance to cadmium by regulating the GhbHLH12–GhMYB44–GhHMA1 transcriptional cascade[J]. Plant Biotechnology Journal (2024).

基因編輯服務(wù)+靶向測(cè)序服務(wù)+高通量表型儀器和服務(wù)方案
為了縮短您的育種進(jìn)程,提高您的育種成功率,北大荒墾豐種業(yè)-澤泉科技生物技術(shù)與表型服務(wù)中心將為您提供水稻基因編輯服務(wù)。本方案利用基因編輯酶系統(tǒng)編輯供試材料的目的基因,在不改變其他基因的情況下迅速獲取一批目的基因缺失型突變體。解決傳統(tǒng)雜交選育中存在的周期長(zhǎng),基因連鎖等難題。

分子標(biāo)記開發(fā)與檢測(cè)服務(wù)

根據(jù)目標(biāo)DNA/基因序列,可開發(fā)高效的分子標(biāo)記(SNP-KASP、SSR等),并可實(shí)現(xiàn)單日最高一萬(wàn)SSR數(shù)據(jù)點(diǎn),以及數(shù)以十萬(wàn)計(jì)的SNP數(shù)據(jù)點(diǎn)檢測(cè)。應(yīng)用領(lǐng)域:

● 玉米、大豆、水稻等作物品種真實(shí)性鑒定● 基因精細(xì)定位
● 玉米、大豆、水稻等作物品種一致性檢測(cè)● 種質(zhì)資源分析
● 玉米、大豆、水稻等作物品種純度檢測(cè)● 分子標(biāo)記輔助育種

分子標(biāo)記輔助選擇/回交育種服務(wù)

利用分子標(biāo)記輔助目標(biāo)基因選擇、背景選擇和去連鎖選擇,針對(duì)優(yōu)良自交系的個(gè)別“短板”進(jìn)行“定向”改良,回交不超過3代,獲得與原自交系一致或高度相似的新材料。應(yīng)用領(lǐng)域:水稻、玉米、大豆、小麥等作物定向改良。

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