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CytoSense 在微生物檢測(cè)中的應(yīng)用
日期:2023-03-16 13:24:02
1、前言

每種微生物基本都有各自的特異性表面抗原,使用單抗偶聯(lián)各種熒光素可方便檢測(cè)各種樣品中的微生物。樣品經(jīng)熒光染色(如SYBR Green I 或其他染色劑染色)后,可用CytosSense 測(cè)定微生物含量。(高通量:>200000cell ; 粒徑:0.1-700μm) ,目前可直接檢測(cè)大腸桿菌,嗜血桿菌、沙門(mén)氏菌、結(jié)核桿菌、銅綠假單胞菌、軍團(tuán)桿菌等。在瑞士,F(xiàn)CM方法被列為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)菌監(jiān)測(cè)方法。

常用核酸染料:
SYBR Green I ——滲透膜,檢測(cè)活細(xì)胞。
PI (碘化丙定) ——不滲透膜,只能通過(guò)破損的細(xì)胞膜,檢測(cè)死細(xì)胞。
當(dāng)然,也可以根據(jù)檢測(cè)目的選擇其他激光波長(zhǎng)和熒光帶與目標(biāo)染料進(jìn)行最佳匹配染色。
488nm激光器可激發(fā)多種熒光素

圖123031503.jpg


2、CytoSense 檢測(cè)微生物所需配置

2.1 激光檢測(cè)器配置:488nm激光器,綠/黃檢測(cè)熒光通道。

2.2 進(jìn)樣系統(tǒng)設(shè)置:使用CytoSense 檢測(cè)細(xì)菌時(shí)我們建議在樣品泵中使用特殊的管道,以盡量減少染色細(xì)胞粘附在管道上,對(duì)其他操作沒(méi)有影響。即更換下圖配件:

圖223031503.jpg

2.3 鞘液設(shè)置

A) 實(shí)驗(yàn)室手動(dòng)染色樣品

如果樣品制備中進(jìn)行了細(xì)胞清洗,則直接上機(jī)檢測(cè)沒(méi)有影響;如果樣品沒(méi)有清洗,樣品含有游離染料,則有兩種選擇:

a)“正常使用循環(huán)鞘液”:為防止染料在鞘液中積聚,緩慢增加熒光通道中的背景信號(hào),因此建議定期投加氯??梢酝ㄟ^(guò)安裝加氯泵實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化,或者,我們可以安裝一個(gè)帶有流動(dòng)開(kāi)關(guān)的特殊過(guò)濾器(下圖),以從鞘液中去除染料。

圖323031503.jpg

b) 使用“非循環(huán)鞘液系統(tǒng)”:可將“受污染”的鞘液會(huì)立即從儀器中排出,無(wú)需再循環(huán),本方案只需為鞘液提供足夠的清潔水。外置鞘液系統(tǒng)有利于保護(hù)管路和內(nèi)置的過(guò)濾系統(tǒng),延長(zhǎng)其使用壽命。濁度較高的樣品,藻濃度較高的樣品,也可以使用外置鞘液系統(tǒng)來(lái)運(yùn)行儀器。


外置鞘液系統(tǒng)連接方式如下:(標(biāo)準(zhǔn)CytoSense即可,用戶可方便自行改裝)

圖423031503.jpg

非循環(huán)外置鞘液系統(tǒng)


B) 現(xiàn)場(chǎng)自動(dòng)染色監(jiān)測(cè)

增加配件 “細(xì)菌染色模塊”,可以自動(dòng)調(diào)節(jié)鞘液。同時(shí) “染色模塊”,可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)染色。適用于水中微生物我的在線自動(dòng)監(jiān)測(cè)。


使用方法:與正常細(xì)胞檢測(cè)一樣,沖洗、啟動(dòng)和分析操作是自動(dòng)化的,所有程序都在軟件中編寫(xiě)。熒光染料有時(shí)需要在瓶子空了之后重新填充,定期更換氯和過(guò)濾器-取決于使用情況等,可自動(dòng)運(yùn)行幾個(gè)月。

圖523031503.jpg

※ 對(duì)于已經(jīng)擁有CytoSense的最終用戶,不需要購(gòu)買(mǎi)另一臺(tái)CytoSense,只需加配染色模塊,對(duì)現(xiàn)有CytoSense做微小調(diào)整,以適應(yīng)與染色模塊的耦合(如電子連接和安裝不同類型的樣品泵)。


3、應(yīng)用案例

3.1 上升流系統(tǒng)和人為活動(dòng)對(duì)巴西沿海地區(qū)微生物多樣性的影響(巴西里約熱內(nèi)盧聯(lián)邦大學(xué))

圖623031503.jpg

圖6230315032.jpg

細(xì)菌活性測(cè)定
利用CytoSense 測(cè)定細(xì)菌濃度,配置488nm,20mV固體藍(lán)色激光,側(cè)向散射(SWS,446/500nm)檢測(cè)器和紅色(葉綠素-a)熒光(FL1-669/725nm);橙色/黃色(FL-2,601/651nm),綠色/黃色(FL-3,515/585nm)熒光檢測(cè)器。使0.92和10mm的黃綠色熒光小球作為內(nèi)標(biāo),并使用Length,SWS和Average,OFL參數(shù)進(jìn)行細(xì)菌計(jì)數(shù)現(xiàn)場(chǎng)測(cè)定。細(xì)菌樣本使用SYBER Green I 染色,通過(guò)側(cè)向散射SWS和橙色熒光信號(hào)進(jìn)行鑒別。

圖723031503.jpg

3.2 CytoSense分析大容量沖擊采樣器采集的空氣中細(xì)菌(丹麥奧胡斯大學(xué))

圖823031503.jpg

空氣中細(xì)菌細(xì)胞的特性需要有效的收集、濃縮和分析技術(shù),特別是要克服它們?cè)谑彝猸h(huán)境中被稀釋的挑戰(zhàn)。建立了一種快速、可靠的空氣中細(xì)菌定量方法。為此,采用大容積沖擊取樣器從污水處理廠(WWTP)收集空氣中的細(xì)菌。用CytoSense測(cè)定細(xì)菌細(xì)胞密度,并與基于16srRNA基因的定量PCR(qPCR)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較。結(jié)果表明,該方法對(duì)室外環(huán)境中細(xì)菌密度的估計(jì)是可靠的,用CytoSense法進(jìn)行分析比qPCR法更快、更靈敏。此外,在不同的取樣條件下,CytoSense可提供有價(jià)值的細(xì)胞特征信息。

圖9230315032.jpg

利采用CytoSense對(duì)沖擊式氣體采樣器收集到的氣載細(xì)菌和參考菌株大腸桿菌進(jìn)行計(jì)數(shù)和鑒定。配置488nm激光器,550nm的高靈敏度黃光發(fā)射傳感器。同時(shí)記錄每個(gè)粒子的脈沖形狀的信號(hào)可用于估計(jì)細(xì)胞體積,并將細(xì)胞定義為不同細(xì)胞類型的特定簇。分析粒子體積通過(guò)FWS的掃描脈沖圖或SWS的掃描脈沖圖估算。

圖923031503.jpg

3.3 絲狀菌生物過(guò)程中的孢子質(zhì)量在線監(jiān)測(cè)(維也納科技大學(xué))

圖1023031503.jpg

真菌生物過(guò)程中孢子接種物質(zhì)量的測(cè)定尤為重要,因?yàn)槊劝l(fā)孢子的數(shù)量會(huì)影響過(guò)程性能,進(jìn)而影響產(chǎn)品效價(jià)。因此,需要確定孢子接種體中活孢子的濃度,以便將精確數(shù)量的活孢子接種到生物反應(yīng)器中。根據(jù)孢子接種體的不同,孢子需要不同的時(shí)間段膨脹、萌發(fā),從而生長(zhǎng)菌絲。本文提出的方法不僅可以取代菌落形成單元(CFU)測(cè)定法,而且可以在線監(jiān)測(cè)孢子的溶脹和萌發(fā)。
* 活菌染色熒光素二乙酸酯(FDA)和碘化丙二鈉(PI)能夠區(qū)分代謝活性/活菌/FDA陽(yáng)性孢子和非活菌孢子

圖10230315032.jpg

3.4 高頻監(jiān)測(cè)水生生態(tài)系統(tǒng)中異氧微生物的原位特征及動(dòng)態(tài)(地中海海洋研究所)

自動(dòng)染色模塊(SM)安裝于CytoSense,可同時(shí)原位自動(dòng)采樣、分析浮游植物和細(xì)菌。水樣在行船過(guò)程中持續(xù)泵入系統(tǒng),SYBR Green I熒光染料通過(guò)小的染色容器逐滴加入樣品(V/V=1:10000),經(jīng)15min 染色反應(yīng)后自動(dòng)泵入CytoSense。通過(guò)本次項(xiàng)目地中海海洋研究所展示了CytoSense 不僅可以檢測(cè)自發(fā)熒光的浮游植物,而且可檢測(cè)細(xì)菌、鞭毛蟲(chóng)、纖毛蟲(chóng)等微生物。經(jīng)過(guò)2 小時(shí)一次共七天的實(shí)驗(yàn),獲得了更多有效數(shù)據(jù)。

6412a67e22ed4.jpg
4、參考文獻(xiàn)

[1] Cury JC, Araujo FV, Coelho-Souza SA, et al. Microbial diversity of a Brazilian coastal region influenced by an upwelling system and anthropogenic activity. PLoS One, 2011, 6(1): e16553.

[2] Coelho-Souza SA, Araújo FV, Cury JC, et al. Bacterial and Archaeal Communities Variability Associated with Upwelling and Anthropogenic Pressures in the Protection Area of Arraial do Cabo (Cabo Frio region - RJ). An Acad Bras Cienc, 2015, 87(3): 1737-1750.

[3 L. Haraguchi, H. H. Jakobsen, N. Lundholm, J. Carstensen. Monitoring natural phytoplankton communities: a comparison between traditional methods and pulse-shape recording flow cytometry. Aquat. Microb. Ecol., 2017, 80: 77-92.

[4] J. Jang, N. B. Hendriksen, H. H. Jakobsen, U. Gosewinkel. Application of Cytosense flow cytometer for the analysis of airborne bacteria collected by a high volume impingement sample. Journal of Microbiological Methods, 2018, 154 : 63–72.

[5] T. Silovic, G. Grégori, M. Dugenne, et al. A new automated flow cytometer for high frequency in situ characterisation of heterotrophic microorganisms and their dynamics in aquatic ecosystems. IMEKO International Conference on Metrology for The Sea, Naples, Italy, October 11-13, 2017.

[6] Ehgartner, D., Herwig, C., & Neutsch, L. At-line determination of spore inoculum quality in Penicillium chrysogenum bioprocesse. Applied Microbiology and Biotechnology, 2016, 1-11.

[7] Ehgartner, D., Fricke, J., Schr?der, A., & Herwig, C. (2016). At-line determination of spore germination of Penicilliumchrysogenumbioprocesses in complex media. Fungal Genetics and Biology, Manuskript in preparation.


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